昆明医学院第三附属医院主管营养师周岚认为，使用微波炉加热或煮熟食品对人体是否有害，这是个一直有所争议的问题。微波辐射对人体的影响与微波炉加工食品对人的影响是不同的。微波辐射对人体的危害有大量证据证明，是确定无疑的。而经微波炉加工的食物是否对人体有害，目前还缺乏有说服力的证据，不能妄下断言。作为一种提示，公众使用微波炉多注意点是可以的，在微波炉对人体的危害没有定论之前，尽量避免经常使用微波炉，但也不能笼统地得出“微波炉不能用”的结论。
什么是“微波”
微波是一种电磁波，它能穿过玻璃、纸张、塑料和类似材料；微波炉内的电磁管发出微波，在微波炉内来回反射，被食物吸收后，引起食物中的水分子振动，从而产生热量，加热食物。但微波遇金属会反射，这也是为何不能将金属器皿送进微波炉的原因。
微波炉反对论
关于微波炉的负面看法或反对使用微波炉的理由主要有两方面：
其一，以微波炉烹煮或加热食物，会破坏食物营养，使得食物的营养大大减少，因为电磁波辐射改变和破坏了食物的分子结构。有报告指出，微波食品的营养价值减少了６０％至９０％，包括矿物质和生化酶，维生素Ｂ、Ｃ和Ｅ，甚至连蛋白质的营养成分也减少了。
其二，有人认为会产生致癌物质。微波烹饪的食物会产生有毒和致癌的附加物。因为食物中的脯氨酸（氨基酸的一种）受到微波辐射后变成烃基脯氨酸，是一种致癌物质。
微波食品无害说
美国食品和药品管理局则认为，和传统烹调方式相比，用微波炉烹饪并不会使食物中的营养损失得更多。相反的，用微波炉加热饭菜由于热得快，并且不用加水，食物中的维生素和矿物质保留得更多。而且微波炉里的微波经过设计，使食物能尽快吸收，因而食物也不会被污染或成为辐射物。
另一方面，用微波炉加热并不会使食物产生致癌物质。因为微波属热能射线，将热能传送到食物身上，食物本质并不会因而受到任何影响。
微波炉使用６项法则
法则一：预防微波泄漏。专家认为，由于微波是通过食物分子的剧烈运动产生热能，达到烹调食物的目的，因此食物本身不存在微波遗留，只要正确使用，微波炉在使用过程中是安全可靠的。
要预防微波泄漏可注意两点：一是千万不要猛烈碰撞炉门，并注意炉门是否损坏。如发现炉门受损，则不可使用；二是定期检查炉门和门框的各个部件，如有松脱和损坏，应立即修理，以防微波泄漏。
法则二：不要预先将肉类加热至半热，留待以后再用微波炉加热至全熟。这样做虽可减短开饭前所需烹调时间，但半熟的食物中细菌没被杀死，既使放入冰箱，细菌仍会生长。第二次再用微波炉加温时，因时间太短，可能不能将所有细菌杀死，而吃坏肚子。所以，忙碌的家庭若要节省烹调时间，仍以将肉类烹熟，放在浅容器中，或以冷冻食品塑料袋包装，将其冷冻，食用时先在冰箱中或微波炉中解冻，再加热食用为佳。
法则三：已在微波炉中解冻之肉类及家禽，不可再冷冻。因在微波炉中解冻，事实上已使外面一层开始低温加热。在这种低温下，细菌可能已繁殖到一危险的数量。虽然再冷冻可使繁殖停止，却不能将活细菌杀死。所以，已用微波炉解冻之肉类，必须加热至全熟，如不吃，再收入冰箱。
法则四：据美国农业部调查报告：人们常把剩菜放在微波炉中解冻或加热，然后就忘记了，一放就是几小时。如果忘记取出在３小时以上，最好弃去不吃，以免食物中毒。
法则五：不要用一般普通塑料容器放入微波炉加热。虽然塑料自身不被加热，但热的食物会使容器变得很烫。这些塑料容器在高温下可能放出毒素，染污食物。
法则六：美国食品药物管理局和维护消费者权益的团体均警告大家，当心厨用透明塑料纸会往微波炉中放出毒素。虽然目前还没有人因此中毒，但中毒的可能性还是存在的。１９８７年英国做了一个试验，发现一种塑料纸中的化学品ＤＥＨＡ在微波炉中加热时渗入了食物。ＤＥＨＡ渗入高油脂食物中较多，因油脂在微波炉中可以非常热。高剂量的ＤＥＨＡ可使老鼠生癌。